历经多年发展，目前学院拥有应用经济学、工商管理、管理科学与工程、公共管理4个一级学科。其中应用经济学、工商管理和管理科学与工程3个学科拥有一级学科博士点及博士后流动站，均有教授入选国务院学科评议组成员。拥有1个国家重点学科产业经济学、3个北京市重点学科应用经济学、管理科学与工程、企业管理。拥有1个国家高端智库“可持续交通创新中心”， 3个北京市哲学社会科学重点研究基地“北京交通发展研究基地”、“北京产业安全与发展研究基地”、“北京物流信息化研究基地”，1个北京市社会科学与自然科学协同创新研究基地“北京人文交通、科技交通、绿色交通研究基地”，1个教育部国别和区域研究中心“北京交通大学中东欧研究中心”，1个北京实验室“国家经济安全预警工程北京实验室”，1个北京市重点实验室“物流管理与技术实验室，1个首都高端智库“北京综合交通发展研究院”。

学院始终瞄准国家战略和产业发展需求，充分发挥在经济和管理领域学科齐全的优势，通过智力支持、人才保障和专业服务，积极服务于国家交通运输、现代物流、资本金融、信息技术、建筑地产、旅游健康等行业发展，成为支撑和引领中国产业发展的重要力量。过去五年，学院年均科研经费近亿元，在国内同类学院中名列前茅，通过重点研发计划、国家自然科学基金、国家社会科学基金等平台，为国家重大战略、重大行业需求和重大基础理论研究提供有力支撑。通过国家高端智库、人民日报内参、教育部高校智库专刊等智库渠道，为北京市、中央部委等党政部门提供重要智库服务，其中多篇获中央或地方领导人批示。