2003年在学校统筹规划下，经济管理学院按“宽口径、厚基础、强能力、高素质”的培养规格定位，对经济管理类人才的培养方案进行了修订，重新构建了经济管理类专业人才培养新体系。与此相应，经济管理实验室作为校级重点实验室进行建设，迅速发展，先后建成了综合运输、物流管理与工程、信息化工程、企业管理、企业兼并重组等5个研究型实验室和系统模拟、人机工程、物流模拟、企业信息化模拟等4个教学型实验室。
今天的北京交通大学经济管理实验研究中心，是在进一步整合了原有各专业实验室实验资源的基础上，形成的集学科建设、科学研究与人才培养于一体的综合实验中心。
2008年获批北京市实验教学示范中心、北京市物流管理与技术重点实验室。2015年获批国家级虚拟仿真实验教学示范中心。
在学校和学院两级领导下，实验研究中心始终坚持理论与实践相统一的基本教学思想，传承“知行”校训，在教学实践中逐步形成了“五个结合”的实践教学理念；不断解放思想，与时俱进的转变实验教学观念，以培养学生自主学习能力提高为根本，以实验资源建设为基础，以团队建设为核心，以科学的激励机制为保障，加强实验教学改革，以“项目拉动”方式进行建设，现已成为研究性教学的主场所、经济管理专业素质培养基地、高新技术的承载体，为培养自主学习能力强，适应社会与经济发展需要，具有经营管理、创新创业、科学研究等能力的栋梁人才，提供了重要的支撑，取得了显著效果。
目前，实验研究中心面积达1000平方米，功能区划分：
1、 实验教学区（东、西）
2、 竞赛研讨区
3、 资源区
4、 情景仿真区
5、 物流模拟区
6、 人机工程实验区
7、 博士生科研区
8、 资料室、研讨、实验演示区
拥有从日本购进的先进的人机工程测试系统、心理测试工作站、司机模拟操作台，可进行多项测试实验。此外，先后开发购置了企业资源计划（ERP）教学软件、外贸实务教学系统系列软件、商业银行模拟软件系统、工程项目管理系列（PKPM）和审计软件等多种课程软件和各种经济、财务、金融数据库等一大批实验教学辅助资料。配备了条码、RFID等实验设备及托盘、货架、集装箱等微缩实物模型，安装了当前较先进的Flexsim、Lingo、Anylogic等物流管理应用与仿真软件，自主开发了铁路、港口物流信息系统和物流模拟系统。
经过多年建设，实验室形成了以实验室硬件资源平台、数据资源平台、工具资源平台为支撑，围绕铁路、港口等交通运输行业、区域与城市发展面临的关键问题，在经济、管理与技术领域开展科学研究，取得大量研究成果。
经济管理实验研究中心实行学术委员会指导下的实验室主任负责制。采取开放式管理模式，面向校内、其它高校和科研单位开放。星期一至星期六早8 : 00 - 晚10 : 00对全校师生开放。